采用空气洁净技术为主要保障条件，使室内空气中的尘埃和细菌数量符合一定标准的医院用房即为医院洁净用房。
采用空气阻隔一定粒径尘粒和细菌微粒的空气过滤技术，配合具有一定风量或风速的气流组织和室内压力梯度控制，使室内微粒的数量维持在一定水平的技术即空气洁净技术。
根据以上特点，医院洁净室要按洁净室的规范及各种不同的洁净用房的特点设计流程及气流组织。注重人、物流程序、气流组织形式（避免交叉感染）、温湿度控制等。洁净室是一个占地面积较大、能耗也较大的系统。故合理的选用、配置才能达到预期目的。
1、医院洁净用房的选择
目前根据我国医院的具体情况及相关规范，参照国外经验，洁净用房的应用已扩展到医院的众多部门。如：洁净手术部；特殊病房（白血病层流病房、烧伤病房、哮喘病房等）；护理单元（重症护理单元ICU、CCU、NICU等）；中心供应室（无菌存放区）；配液中心；重要的实验室（特殊化验室、生命科学实验室（如生殖中心等）、动物房、重要的生物安全系统）、精密的新型仪器室、洁净辅助用房（无菌辅料室、一次性物品室等）。
医院在新建、改建的设计阶段，要充分的研究分析本院的具体情况合理的选择洁净用房，由于洁净用房需配置相应的辅助用房，如男女更衣室、卫浴间、缓冲间、洁净用品、污物专用通道，洁净空调机房及冷热源系统等，需要占用建筑面积，故在设计阶段就要通盘考虑留有合理的空间和位置，避免出现后期又要按净化室布局，造成面积不够，净化流程不完善，不能充分的保护核心区洁净度、压差的稳定。空调系统布置空间不足，系统不流畅造成能耗损失、噪声招标等问题。也为今后的维护保养造成了困难，不能充分发挥洁净室的功能。
2、洁净用房的空调系统配置
医院洁净室空调系统，根据其特点它是一个恒温恒湿系统（冷热对抗），为了相应的洁净度设有多级过虑器，增加了系统的阻力。故它是一个能耗较大的系统。系统节能设计显得十分重要，要引起高度重视（需增加设施的投入）。
中国绿色医院建筑评价标准提出了“对于洁净手术部等净化空调系统，采用技术措施比一次回风系统减少电再热功率50%。”的意见。针对洁净空调系统根据我们的经验为了达到节能、环保采取了以下方法。
冷热源：
1）、对手术室、ICU、层流病房等常年24小时运行的洁净用房宜单独配置冷热源与大楼系统分开。
2）、条件许可的情况下可采用地源热泵系统。
洁净空调机组：
1）、选用可靠技术成熟的医用型洁净空调机组；低噪、结构防震、断桥、凝结水结构合理能防止回灌，便于对表冷器、过滤器的清洁。
2）、变频器、变频风机配置。
3）、配置可靠的自控系统，可实现自动、手动转换。
系统设计：
1）、风管系统尽量短捷流畅，减少弯头、各种过滤器选用低阻型以减少系统阻力。
2）、新风机组采用深度除湿方案、对于自取新风的可采用二次回风系统以减少冷热对抗，到达节约能源的目的。
3）、排风系统：对于空调机组集中布置的且排风量较大的，可考虑热回收系统，用排风经热交换预处理新风等，但要核算并有防止交叉污染的有效措施。对有对环境污染的废气要有有效的过滤器过滤，才能排放。对于排风的出口要特别注意，要与新风进风口保持距离。规范规定：新风口应设置在高于地面5M、水平方向距排风口3M以上并在排风口上风侧的无污染源干扰的清洁区域。
3、洁净室的其他设施配置
洁净室的照明，由于洁净室是一个相对密闭的空间，对房间的照度要求比较高，为了节约能源，在设计时尽量考虑利用自然光源。
对于照明系统采用智能控制系统，根据需求进行调节。选用高效节能的光源（如LED等）。
对于有条件的地区可利用太阳能光伏发电系统，与公共供电系统交替使用。（国家对此项目有特殊补贴政策。）
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