手术室配有洁净空调系统，控制空气中的颗粒物到一定的生物洁净标准，营造一个没有灰尘和微生物的洁净空间，避免感染。
洁净手术室对洁净区的快速升降温和空调制冷有着特殊的要求，手术室因其手术量大，造成空调系统超负荷运行，且维护时间的不确定，因此为保证手术过程中病人的安全，降低手术交叉感染的风险，要对手术的环境进行严格的控制。净化空调系统对洁净手术室的环境可以进行温度、湿度的控制，还可以对通风量和压力进行调节，使整个手术室呈现在受控状态下。因此洁净室的空调系统应具备以下特点：
风量大
洁净室主要是通过空气量的循环来过滤空气中的尘埃、细菌等，实现对空气中非生物粒子和生物粒子的控制。现行规范《医院洁净手术部建筑技术规范》（GB50333—2013）对各级手术室的送风量及其他相关参数有明确规定，见下表。
温度度控制精度高
与普通舒适性空调的仅满足人员舒适的要求不同，洁净室手术室温湿度控制的精度是为了满足治疗的环境要求。为了实现恒温恒湿，要求空气处理机组中至少要具备制冷、制热、加湿、除湿等功能段，而且需要精密控制的方式。
系统风压高
为达到空气洁净的要求，洁净手术室一般至少要采用粗、中、高三级过滤器过滤，有特殊要求的高级别洁净室，过滤器的设置会更多，而就这三级过滤器的阻力加起来就有650～800Pa左右，同时为保证维持洁净室的正负压调节要求，洁净采用集中送、回风的方式，所以洁净室的管道阻力一般比普通空调的要大一倍以上。为克服这些阻力，就要求空气处理机组的送风机有足够的压头。
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