PCR实验（experiment)室依据所使用的方法可分为试剂准备、标本制备、扩增、产物分析(Analyse)等三或四个区域。洁净实验室主要用于微生物学、生物医学、生物化学、动物实验、基因重组以及生物制品等研究使用的实验室统称洁净实验室-生物安全实验室。无菌试验室、生物安全实验室由主实功能验室与其他实验室及辅助功能用房组成。只是使用实时荧光PCR仪、HIV病毒载量测定仪的PCR实验室，有上述前面三个区域即可。各区域应完全独立分隔，不应有任何的空气直通。
PCR实验（experiment)室对污染的预防与控制（control)：
PCR实验（experiment)室设计的核心(core)问题是如何避免污染。净化实验室必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。净化实验室控制系统是整个洁净实验室安全运行的神经中枢,由于洁净实验室-生物安全实验室的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以最少的维护人员，运用最优化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕(circumfuse)实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐(fán suǒ)，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除（Remove)。
PCR实验（experiment)室功能区分为：
一、普通实验（experiment)区——法医物证常规检验室、法医物证存储室、受案室、检材室、骨骼(skeleton)提取实验（experiment)室、数据（data)比对分析(Analyse)室、紧急淋浴洗眼间、洁具间、洗衣间、测序仪专用UPHOTOSHOP机房；
二、特殊实验（experiment)区 / 污染控制（control)区——更鞋 / 缓冲走廊、更衣 / 缓冲间、现场物证DNA提取间（30-50㎡）、嫌犯血样DNA提取间(15-30㎡）、试剂混配间(15-30㎡）、PCR扩增间(15-30㎡）、扩增产物测序间(15-30㎡）；
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